蛋白质定量

非靶向蛋白质定量的典型挑战是循环时间（定义色谱峰分辨率），所选择的离子的唯一性以确定肽量（选择性）和系统敏感性（低丰度化合物的定量）。基于MS的方法提供综合定量结果，但重叠离子可降低这些工作流的选择性。基于MS / MS（DIA）的定量提供了优异的选择性，其灵敏度降低。

基于TIMS-PASEF的无标签定量（PASEF-LFQ）结合了两种方法的最佳方法。TIMS提供了额外的分离尺寸，从而大大增加的选择性，而TIMS细胞的前浓度效应提供更大的灵敏度。PASEF循环时间与窄纳米UHPLC峰兼容，而其速度（> 100Hz MS / MS）大大提高了与传统DDA方法相比母离子选择的再现性。
在这种情况下，TimStof Pro的唯一4D-MBR方法允许以前所未有的灵敏度克服缺失的值问题。

在某些情况下，高度复杂的样品或短梯度分析，100Hz MS / MS补充速率不足以在大量分析中再现地选择相同的离子。

在这种情况下，可重复的群体横截面测定（移动性）能够在运行（MBR）之间的4D匹配，其最大化从标签无量化实验中量化的蛋白质的数量，同时保持高通量样本分析的最高置信度。4D-MBR方法由最新的峰值和MaxQuant版本支持。阅读我们的相应LC-MS154应用笔记。

踏入未来：介绍DIA-PASEF
对于数据独立获取（DIA），DIA-PaseF利用分子量和迁移率之间的相关性以靶向密度肽区域。额外的尺寸导致选择性增加，灵敏度增加和循环时间较短。有关Dia-Pasef如何推动4D-蛋白质组学的限制的更多信息，请阅读我们的LC-MS157应用笔记。

maxquant数据处理
MaxQuant，流行强大，开源软件完全支持PaseF-LFQ数据，实现高级定量，可视化和报告。

高级软件支持
越来越多的高级蛋白质组学处理软件包现在直接读取TIMSTOF Pro RAW数据：这包括天际线，基因数据，完整的蛋白质指标套件，吉祥物蒸馏器

峰值数据处理
Peaks Studio由TIMS数据文件的高性能特征提取供电，获得高质量的基于肽的蛋白质识别，无标签定量和DONOVO测序。多重复杂的可视化和导出能力允许用户审查，分享或改进多种蛋白质组学分析的结果。

TIMSTOF Pro为千分之一注射提供可持续性能的独特能力与增强的LFQ性能相结合，使系统成为高通量临床研究的理想平台。

数据处理是蛋白质定量的关键，并且一些最强大的软件套件已经支持了PaseF-LFQ方法。