SRX软件
使用SRX软件进行定量分析
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分析
生物成像是一门定量学科
虽然图像本身可以在视觉上给人留下深刻印象，并提供定性、描述性的信息，但生物成像更多地关注于定量测量。定量测量使科学家能够测试和检查假设，并进行数据驱动的实验。
定位显微镜在一段时间内生成一系列精确的分子位置数据。然后使用这些数据创建图像。定位数据允许对样本中的分子位置进行直接定量分析，提供了一种与基于图像的技术(如STED和SIM)截然不同的分析类型。
SRX软件中可用的测量类型
SRX软件提供了许多工具，允许用户根据获取的定位数据进行统计分析来进行测量。测量包括空间分布，聚类分析，共定位，分辨率分析，活细胞分析和生成控制数据建模。
空间分布
研究定位数据空间分布的实验是一种基础分析，可以作为其他层次分析的前兆。空间分布测量提供了有关细胞不同区域内定位密度的有价值的信息。比较不同细胞区域间的定位分布差异或不同治疗或条件下同一细胞区域的差异可以为了解分子组成提供有用的见解，并为理解通路和分子功能提供有价值的推断。用于分析分布的工具包括Ripley’s K, Pair Correlation和Nearest Neighbors。
聚类分析
分子往往形成集群，通过空间分布分析很容易识别。簇的潜在存在通常是在实验前根据其他光学显微镜的发现，如共聚焦。
分子存在于团簇中的意义可能与它们的结构作用或功能作用有关，或两者兼有。在某些情况下，细胞内条件的改变可能会形成细胞簇。在不同的条件下，集群也可能改变组成。团簇的形成和组成也可能与其他团簇或分子有关(参见共定位)。
聚类分析提供了对样本中观察到的聚类的更详细的分析。聚类分析对话框允许用户为聚类分析设置参数，如粒子类型、聚类大小和粒子计数，并具有显示功能以帮助可视化聚类形成，并具有各种测量参数，用于查看和输出到.csv或.mat文件。集群可视化还可以显示在主SRX可视化窗口中，并可用于筛选数据。
聚类分析测量包括粒子计数，聚类面积，聚类密度，聚类大小(体积)，质心位置，和PCA分析。
Co-localization
共定位是聚类分析和空间分析的自然延伸，允许用户检查不同类型分子的簇之间的关系以及不形成簇的分子之间的关系。
聚类分析对话框允许用户配置不同分子聚类类型的测量值。输出显示共定位测量、表格数据的图形显示，以及在SRX可视化窗口中显示图像结果。协同本地化数据可以以.csv和.dat格式输出。
共定位测量包括Mander’s重叠系数、强度相关商、成对相关、最近邻、联合直方图和Storm-RLA聚类分析。
Live-Cell分析
活细胞实验通常需要量化粒子或团簇(物体)随时间的位置变化。活细胞分析跟踪粒子位移并显示它们随时间的运动。
距离、速度和角分布直方图可以从这些数据生成，以协助分析。图形显示和移动图可以输出为图像，表格数据可以输出为.csv和.mat文件。
